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FSA es una secuencia de múltiples probabilistas alineación algoritmo que utiliza una distancia de enfoque para la armonización de ADN, ARN o secuencias de proteínas homólogas.

Mucho como la distancia a base de métodos de reconstrucción filogenética Vecino-Participar como construir una filogenia usando sólo pairwise divergencia estimaciones, la FSA construye un alineamiento múltiple usando solamente pairwise estimaciones de homología.